A FETRAMESC foi fundada em 26 de maio de 1990, em Blumenau. Instalada inicialmente na Rua Cristiano Michels, junto ao Sintraseb, iniciou com diretoria provisória presidida por Olímpio de Amorim.

Em maio do mesmo ano, elegeu sua primeira diretoria, presidida por Onildo Favero, seguida por Luiz Bernardo Costa. Criada para fortalecer os sindicatos municipais por meio de representação federativa, a FETRAMESC foi registrada e legitimada no Ministério do Trabalho. Participaram da fundação os sindicatos de Joinville, Gaspar, Rio do Sul, Pouso Redondo e Blumenau.

A sede funcionou na Rua Sete de Setembro (em espaço cedido pelo Sintraseb) até 1994; em 1995 mudou-se para a Rua XV de Novembro. Em 2007, na gestão do presidente David Vinci, a Federação adquiriu sede própria na Rua Henrique Krohberger, bairro Boa Vista, em Blumenau, onde permanece.